ディスク:1
1. はたらく細胞 -Main Theme-
2. 運んで、運んで
3. 迷子でも一生懸命
4. おだやか世界
5. 華麗に舞うフリル
6. ちっちゃくてがんばりやさん
7. ゆるやか、ほんわか
8. 大切なゆったり
9. 今日も大忙し
10. さて、どうしよう
11. 迷った時は
12. みんなそれぞれ
13. 侵入者
14. Yes Sir!!
15. 動員要請
16. 迫る危機
17. 何かがいる
18. 静寂に潜む危険
19. 世界への襲来
20. 抗原発見!
21. 恐るべきもの
22. 奴ら
ディスク:2
1. それでも、戦う
2. 立ち向かう勇気
3. 悲しみの在処
4. 生きる。たとえ切なくても
5. 優しさとありがとう
6. それぞれの、はたらく
7. お疲れ様でした
8. お仕事完了という名の勝利
9. 突然の恐怖
10. 一進一退の戦い
11. 世界の敵
12. 戦う、この世界のために
13. 果たすべき使命
14. まっすぐ、仕事を
15. 仲間と共に
16. うふふ抹殺
17. この世界は、終わらせない
18. みんな命がけ
19. 今日も元気にはたらいています
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